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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Fortgeschrittene algorithmische Bioinformatik

Seminar im Sommersemester 2005
Professor Ulf Leser

In dem Seminar werden Algorithmen zur Lösung spezieller bioinformatischer Fragestellungen besprochen. Es bildet damit die ideale Fortsetzung der Vorlesung "Algorithmische Bioinformatik". Die behandelten Themem sind: Non-Standard Verfahren zum exakten Stringmatching, verschiedene Probleme im Bereich Suffixbäume und -arrays, neueste Heuristiken zur schnellen Suche in Sequenzdatenbanken, Sequenzvergleiche mit Hidden Markov Modellen, und zwei neue Arbeiten zum multiplen Sequenzalignment.

Das Seminar bildet die ideale Fortsetzung der Vorlesung "Algorithmische Bioinformatik".

Die Seminarvorträge werden an zwei Tagen, 6. und 15. Juli 2005, als Blockseminar gehalten. Beginn ist jeweils um 10.15 Uhr, im Humboldt-Kabinett, Rudower Chaussee 25, zwischen Haus III und IV im 1. Stock.

Die Einführungsveranstaltung mit Themenvorstellung und Themenvergabe findet am Mittwoch, den 13.4.2005, von 11.15 - 13.00 Uhr im Raum RUD25, 3.101 statt. An diesem Termin ist Anwesendheitspflicht.


Themen

Die Themen im Einzelnen sind (Literaturliste):

Einführung und Themenvergabe
Agenda
 
Mittwoch, 6. Juli
Zeichenkettenalgorithmen
10.15 Shift-AND und Karp-Rabin Leser Bayerbach, Wadim Folien Seminararbeit Literatur
11.00 Konstruktion von Suffixarrays in linearer Zeit Leser Karadzic, Marek Folien Seminararbeit Literatur
11.45 Das LCP Problem in Suffixbäumen Hakenberg Swist, Konstanze Folien Seminararbeit Literatur
ab 12.30: Mittagspause
13.15 Enhanced Suffixarrays Hakenberg Epperlein, Matthias Folien Seminararbeit Literatur
14.00 Konstruktion sehr großer Suffixbäume Leser Andre, Steffen und
Hoehndorf, Michael
Folien Seminararbeit Literatur
Multiples Sequenzalignment
14.45 Multiple Sequence Alignment: T-Coffee Hakenberg May, Enrico Folien Seminararbeit Literatur
ab 15.30: Kaffeepause
16.00 Multiple Sequence Alignment: DIAlign Hakenberg Brauer, Germar Folien Seminararbeit Literatur
Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen
16.45 Seedwahl zum schnellen Alignment Leser Hepp, Bettina Folien Seminararbeit Literatur
 
Freitag, 15. Juli
Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen II
10.15 SST: Advanced Similarity Search Leser Brosy, Franziska Folien Seminararbeit Literatur
11.00 Whole Genome Alignment mit Suffixbäumen Leser Kutbay, Ahmet Emre Folien Seminararbeit Literatur
11.45 Whole Genome Alignment mit Frequency Vectors Leser Hackenberg, Marco und
Grossmann, Benjamin
Folien Seminararbeit Literatur
ab 12.30: Mittagspause
Hidden Markov Modelle, Probablistische Probleme
13.15 Alignments mit HMMs Hakenberg Aleksandrowicz, Lech Folien Seminararbeit Literatur
14.00 Profile HMM Hakenberg Maiwald, Gunnar Folien Seminararbeit Literatur
Oligodesignprobleme
14.45 Oligarray - Designproblem Hakenberg Arnold, Oliver und
Nielsen, Jan Hendrik
Folien Seminararbeit Literatur
ab 15.30: Kaffeepause
16.00 Unique Probes aus EST-Datenbanken Hakenberg Hussels, Hans-Philipp Folien Seminararbeit Literatur
Sequence Assembly
16.45 Der Celera Assembler Leser Fehr, Alexander und
Brandt, Christian
Folien Seminararbeit Literatur
 
Hinweise zur Ausarbeitung


Teilnahme und Scheinerwerb

Die Teilnehmer/innen des Seminars können am Ende einen Schein erhalten. Voraussetzungen dafür sind die aktive Teilnahme am Seminar, die Präsentation eines ausgewählten Themas, sowie die Anfertigung einer schriftlichen Ausarbeitung über dieses Thema (10-15 Seiten). Verpflichtend ist die Teilnahme an einer Vorbesprechung des Themas sowie die Anwesenheit bei allen Vorträgen. Jeder Vortrag wird ca. 40 Minuten dauern und muss selbstständig erstellt sein. Die Vortragsfolien sind mit dem Betreuer eine Woche vorher abzusprechen. Termine für beide Vorbesprechungen (Thema & Folien) bitte rechtzeitig mit dem Betreuer abklären. Die Anmeldung zum Seminar erfolgt ausschließlich über Goya.

Vorträge und Ausarbeitung können mit dem jeweiligen Betreuer der Arbeit nachbesprochen werden. Termine hierfür bitte individuell vereinbaren. Scheine sind nach Abgabe der Ausarbeitung und Korrektur im Sekretariat, RUD 25, Raum IV.106, erhältlich.


Kontakt

Interessierte wenden sich bitte an Prof. Ulf Leser, RUD 25, IV.105, oder Jörg Hakenberg, IV.104.


Stand: 18.7.2005, JH