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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Klassische Algorithmen der Bioinformatik

Proseminar im Sommersemester 2005
Professor Ulf Leser, Silke Trißl

Übersicht




Inhalt

In dem Proseminar werden eine Reihe von klassischen Arbeiten der algorithmischen Bioinformatik besprochen. Wir betrachten Algorithmen zur Lösung einer ganze Bandbreite von Problemen der modernen Molekularbiologie, angefangen bei der DNA Sequenz (mit Themen zum Sequenzvergleich und dem Assemblieren von Sequenzen)über die RNA (RNA Strukturvorhersage, Auswertung von Microarrays) bis zur Proteinwelt (3D Strukturvergleich, Mustererkennung fr Proteindomänen) und in die Systembiologie. Die Themen entspringen daher sehr realen Problemen; die Fokussierung des Seminars liegt auf den Algorithmen zur Lösung der Probleme.

Zeit und Ort

Das Seminar findet im Sommersemester 2005 jeweils Montags von 11 - 13 Uhr, c.t. in Raum RUD 25, III.113 statt.
Der erste Termin des Proseminars ist Montag, der 18. April. An diesem Termin werden auch die Themen vergeben.




Themen

Die Themen werden wir in der zweiten Vorlesungswoche vergeben. Die Themen im Einzelnen sind (Literaturliste):

Einführung in das Thema
[PDF] 18.04. Themenvergabe und Vortragsgestaltung Prof. Leser
[PDF] 25.04. Biologische Grundlagen Silke Trißl
[PDF] 09.05. Sequenzalignment und Sequenzassembly Prof. Leser
Alignment und Ähnlichkeitssuche
1 23.05. BLAST und BLAST 2 Martin Bertheau
Multiple Sequence Alignment und Phylogenie
2 30.05. Multiple Sequence Alignment
Vortrag, Ausarbeitung
Martin Filip
3 06.06. Phylogenetische Algorithmen
Vortrag, Ausarbeitung
Robert Hellfritzsch
Vergleichende Analysen
4 13.06. Genome Rearrangements
Vortrag, Ausarbeitung
Paul Buerschaper
5 20.06. Microarrays
Vortrag
Todor Kalaydijev
Strukturvorhersage und Alignment
6 27.06. Vorhersage von Proteinsekundärstruktur
Vortrag, Ausarbeitung
Janine Gühler
7 04.07. Strukturalignment
Vortrag, Ausarbeitung
Karsten Patzwaldt
Systems Biology
8 11.07. Networks and Systems Biology
Vortrag, Ausarbeitung
Andreas Wickert



Teilnahmevoraussetzungen

Teilnahmeberechtigt sind alle Studenten der Informatik im Grundstudium, die Interesse an der Lösung biologischer Probleme haben. Die Anmeldung zum Proseminar erfolgt ausschließlich über Goya.

Scheinerwerb

Die Teilnehmer/innen des Proseminars können am Ende einen Schein erhalten. Voraussetzungen dafür sind die Anwesenheit beim Seminar, die Präsentation des ausgewählten Themas, sowie die Anfertigung einer schriftlichen Ausarbeitung über dieses Thema. Jeder Vortrag soll ca. 40 Minuten dauern und muss selbstständig erstellt sein.
Termine für die Vorbesprechungen (Thema & Folien) bitte rechtzeitig mit dem Betreuer abklären. Die Vorbesprechung für das Thema sollte - soweit möglich - 6 Wochen vor dem Vortrag stattfinden, die Vortragsfolien sind mit dem Betreuer eine Woche vorher zu besprechen. Die schriftliche Ausarbeitung (10 - 15 Seiten) zu dem gewählten Thema ist 2 Wochen nach dem Vortragstermin abzugeben.

Kontakt

Bei Fragen wenden sich Interessierte bitte an Prof. Ulf Leser, RUD25, IV.105, oder Silke Trißl, RUD25, IV.104.


Stand: 15.03.2005, ST