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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Übung Algorithmische Bioinformatik

Professor Ulf Leser, Wintersemester 2007/2008

Die Übung begleitet den Halbkurs Algorithmische Bioinformatik. Wir implementieren, vergleichen und optimieren verschiedene in der Vorlesung besprochene Algorithmen und erproben sie an realen, biologischen Sequenzen. Die Übung wird in Gruppen durchgeführt. Einige der Aufgaben werden als ein Wettberwerb konzipiert, in dem man für die schnellste Implementierung Extra-Punkte bekommt. Am Ende des Semesters wird die Siegergruppe verkündet.

Die Anmeldung erfolgt über GOYA

ACHTUNG: Aufgrund der beschränkten Zahl verfügbarer Plätze ist der erste Termin (18.10.2007) ein Pflichttermin, bei dem die Plätze vergeben und die Gruppen gebildet werden

Ablauf

Die Übung wird in Gruppen á 2-3 Personen durchgeführt. Jede Übungsgruppe muss 7 Aufgabenblätter bearbeiten. Für die Bearbeitung stehen jeweils 2 Wochen zur Verfügung. Der Ablauf wird sich so gestalten, dass an einem Termin jeweils die neue Aufgabe gestellt und die Lösungen der alten Aufgabe besprochen werden. Dabei stellt eine Reihe von Gruppen ihre Lösung kurz vor; wer, wir bei Beginn der Stunde ausgelost (es müssen sich also alle vorbereiten). Kein Student darf zwei Lösungen vorstellen. Die Termine, an denen keine neuen Aufgaben gestellt werden, sind offene Frage- bzw. Diskussionsstunden.

Aufgaben und Abgabe

Abgabe der Lösungen: Bis 23.59 Uhr am Tag der vorgesehenen Abgabe per Mail an Prof. Leser.

Voraussetzung für den Erhalt eines Übungsscheines ist die Bearbeitung sämtlicher Aufgaben (in Gruppen). Jede Gruppe muss für jede Aufgabe mindestens die Hälfte der erreichbaren Punkte erreichen.

Wettbewerb

4-5 von den sieben Aufgaben werden konkurrierend zu lösen sein. Zusätzlich zu den Bewertungen für korrekt gelöste Aufgaben, die für den Übungsschein ausschlaggebend sind, gibt es 'Wettbewerbspunkte'. Die Lösungvorschläge entsprechen einem vorgegebenen Format und werden bewertet nach Effizienz, Rechenzeit, Speicherplatz u.ä. Für die am Semesterende insgesamt beste Gruppe wird es eine kleine Überraschung geben.

Termine im Einzelnen

Achtung: An den Terminen, an denen Lösungen besprochen und neue Lösungen vorgestellt werden, herrscht Anwesenheitspflicht. Die angegebenen Tage können sich noch verschieben.