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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Halbkurs Bioinformatik

Vorlesung im Wintersemester 2003 / 2004
Professor Ulf Leser

Diese vierstündige Vorlesung behandelt grundlegende Algorithmen der Bioinformatik. Nach einer ausführlichen Einführung in die Grundlagen der Molekularbiologie (Gene und Genome, Expression, Proteine, biotechnologische Verfahren) werden die folgenden algorithmischen Probleme diskutiert: Stringmatching und Alignment, Multiples Alignment, Pattern Matching, Motifsuche und -erkennung, Hidden Markov Modelle, Phylogenetische Bäume, etc.

Voraussetzungen

Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen. Kenntnisse in der Molekularbiologie werden nicht vorausgesetzt.

Prüfungen

Die Vorlesung kann als Halbkurs geprüft werden.

Die Prüfungstermine stehen nun fest:

Montag, 1.3., Dienstag 2.3., Montag 5.4., Dienstag 6.4. und Mittwoch 7.4.
Bitte melden Sie sich bei Fr. Mispelhorn an.

Ort / Zeit:

  • Mittwoch, 11.00 - 13.00, RUD26 1'306
  • Freitag, 11.00 - 13.00, RUD26 1'305

Literatur zur Vorlesung

  • Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press. Die Vorlesung folgt in grossen Teilen diesem Buch.
  • Böckenhauer, Bongartz, "Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik", Teubner Verlag.
  • Koolman, Röhm, Wirth, "Taschenatlas der Biochemie", Thieme Verlag. Für die molekularbiologischen Grundlagen.

Themen im Einzelnen

(Folien sind hier jeweils vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich):


Weitere Materialien


Ergänzende Literatur

  • David Mount, "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis", Cold Spring Harbor Laboratory Press
  • R. Merkl, S. Waack, "Bioinformatik Interaktiv - Algorithmen und Praxis", Wiley-Ch
  • T. Attwood, D. Parry-Smith, "Introduction to bioinformatics", Prentice Hall