Grundlagen der Bioinformatik
Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen der Bioinformatik. Sie vermittelt die notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt ausgewählte bioinformatische Themen, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpression, oder die Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen. Sie ist als Grundlagenmodul konzipiert und führt in die behandelten Themen nur ein.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet. Diese vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung. Bestehen der Übung ist Voraussetzung zur Teilnahme an der Prüfung. Die Anmeldung zur Prüfung erfolgt über Agnes.
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen und Anrechenbarkeit
Die Prüfung erfolgt per Klausur (Termin und Ort noch offen). Voraussetzung für die Teilnahme ist das Bestehen der Übung.
Informationen zur Studiengängen und Anrechenbarkeit finden Sie in AGNES
Literatur zur Vorlesung
- Gusfield, D. (1997). "Algorithms on Strings, Trees and Sequences", Cambridge University Press.
- Lesk, A. M. (2008). "Introduction to Bioinformatics", Oxford University Press.
- Xiong, J. (2006). "Essential Bioinformatics", Cambridge University Press.
Themen der Vorlesung
Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Vorlesungen und notwendige Daten werden hier veröffentlicht.
- Introduction
- Exact string matching
- Global and local alignment (korrigierte Fassung, 17.5.2022
- Scoring Matrices and BLAST
- Multiple sequence alignment; ClustalW
- Gene expression, mRNA (Raik Otto)
- Grundlagen der Biostatistik (Raik Otto)
- Protein secondary structure
- Proteomics: Protein Identification with MS
- Protein-protein interaction networks
- Reconstruction of (regulatory) networks
- Summary, conclusion, feedback