Grundlagen der Bioinformatik
Vorlesung im Wintersemester 2010/2011
Professor Ulf Leser
Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen der Bioinformatik. Sie vermittelt die notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt dann eine Reihe von Themen der Bioinformatik, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpressionsexperimenten, Proteomics, Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen etc. Sie ist grundlegend konzipiert und führt in alle Themen nur ein.
Die erste Vorlesung findet am 25.10.2010 statt.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet. Diese vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung.
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen
Prüfungen sind mündlich.
Anrechnung
Der Kurs (Vorlesung + Praktikum) kann angerechnet werden für- Bachelor Informatik, Wahlpflichtbereich, drittes Semester oder höher (5 SP)
- Bachelor Biophysik, Pflichtvorlesung im Modul Bioinformatik (5 SP)
Literatur zur Vorlesung
tba.
Themen der Vorlesung
- 25.10.2010: Einführung in die Bioinformatik
- 1.11.2010: Exakte und unscharfe Substringsuche
- 8.11.2010 + 15.11.2010: Alignierung von Sequenzen
- 22.11.2010: Substitutionsmatrizen PAM und Datenbanksuche mit BLAST
- 29.11.2010: Multiples Sequenzalignment
- 6.12.2010: Microarrays, Messung von Genexpression
- 13.21.2010: Analyse von Microarraydaten
- Weihnachten
- 3.1.2011: Proteine: Struktur und Funktion
- 10.1.2011: Protein-Protein Interaktionsnetzwerken
- 17.1.2011: Proteomics
- 24.1.2011: Metabolische Netzwerke
- 31.1.2011: Regulatorische Netzwerke und Transkriptionsfaktoren
- 7.2.2011: Biologische Datenbanken
- 14.2.2011: Abschluss