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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Übung Algorithmische Bioinformatik

Professor Ulf Leser, Wintersemester 2009/2010

Die Übung begleitet den Halbkurs Algorithmische Bioinformatik. Wir implementieren, vergleichen und optimieren verschiedene in der Vorlesung besprochene Algorithmen und erproben sie an realen, biologischen Sequenzen. Die Übung wird in Gruppen durchgeführt. Einige der Aufgaben werden als Wettbewerb konzipiert, in dem man für die schnellste Implementierung Extra-Punkte bekommt (das ist unabhängig vom Scheinerwerb). Am Ende des Semesters wird die Siegergruppe gekürt und belohnt.

Die Anmeldung zur Übung erfolgt über GOYA. Es gibt zwei Übungstermine: Montags und Mittwochs. Wir werden in der ersten Übung die Teilnehmer so aufteilen, dass die beiden Termine ungefähr ausgeglichen simd. Der erste Termin ist für alle Teilnehmer ein Pflichttermin, bei dem die Plätze vergeben und die Gruppen gebildet werden.

Ablauf

Die Übung wird in Gruppen á 2-3 Personen durchgeführt. Jede Übungsgruppe muss sechs Aufgabenblätter bearbeiten. Für die Bearbeitung stehen jeweils zwei Wochen zur Verfügung. Der Ablauf wird sich so gestalten, dass an einem Termin jeweils die neue Aufgabe gestellt und die Lösungen der alten Aufgabe besprochen werden. Dabei stellen 2-4 Gruppen ihre Lösung kurz vor; wer, wird bei Beginn der Stunde ausgelost (es müssen sich also alle vorbereiten). Ziel ist, dass jeder Studierende mindestens einmal eine Lösung vorstellt. Die Termine, an denen keine neuen Aufgaben gestellt werden, sind offene Frage- bzw. Diskussionsstunden.

Aufgaben und Abgabe

Abgabe der Lösungen: Bis 23.59 Uhr am Tag der vorgesehenen Abgabe per Mail.

Voraussetzung für den Erhalt eines Übungsscheines ist die erfolgreiche Bearbeitung sämtlicher Aufgaben (in Gruppen). Jede Gruppe muss für jede Aufgabe mindestens die Hälfte der erreichbaren Punkte erreichen.

Wettbewerb

Einige Aufgaben werden konkurrierend zu lösen sein. Zusätzlich zu den Bewertungen für korrekt gelöste Aufgaben, die für den Übungsschein ausschlaggebend sind, gibt es Wettbewerbspunkte. Die Lösungvorschläge entsprechen einem vorgegebenen Format und werden bewertet nach Effizienz, Rechenzeit, Speicherplatz o.ä. Für die insgesamt beste Gruppe gibt es am Ende eine kleine Überraschung.

Termine im Einzelnen

Achtung: An den Terminen, an denen Lösungen besprochen und neue Lösungen vorgestellt werden, herrscht Anwesenheitspflicht. Die angegebenen Tage können sich noch verschieben.