Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Die zweistündige Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um ein 1-wöchiges Blockpraktikum nach dem Ende des Semesters am Institut für Informatik. Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur und die Teilnahme am Praktikum (Siehe auch Material zum Blockpraktikum).

Klausurtermin ist Freitag, der 23.2.2007 von 15.00 - 16.30 (s.t.) in Adlershof, Rudower Chaussee 25, Raum 3.101.

Ort / Zeit:

Montag, 10.00 - 12.00 Uhr, Zentrallabor, Invalidenstr. 42

Die Vorlesung wird in Abschnitten von den verschiedenen Dozenten gehalten.

Literatur zur Vorlesung

Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press

Themen im Einzelnen

• Prof. Herzel: Einführung; Genome
• Prof. Herzel: Bernoulli Sequenzen und statistische Unabhängigkeit
• Prof. Herzel: Markov-Modelle und Bayes-Formel
• Prof. Herzel: Genvorhersage
• Prof. Leser: Einleitung, Sequenzierung und Zeichenketten
• Dr. Axmann: Genomanalyse von Cyanobakterien: Promotoren, regulatorische RNAs und circadiane Uhr
• Prof. Leser: Exaktes Stringmatching: Z-Box Algorithmus
• Prof. Leser: Sequenzalignment, approximatives Stringmatching
• Prof. Leser: Lokales versus globales Alignment, Substitutionsmatritzen
• Prof. Leser: Heuristisches Alignment mit BLAST
• Dr. Preissner: Funktion und Dynamik von Proteinen
• Dr. Preissner: Strukturvorhersage, Homology Modelling
• Dr. Preissner: Strukturalignment
• Dr. Preissner: In-silico Screening
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• 19. - 23. Februar 2007: Blockpraktikum
• Freitag, 23.2.2007, 15.00 - 16.30 (s.t.): Klausur Ort: Rudower Chaussee 25, Raum 3.101