Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Übung zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik

Wintersemester 2004/05

Mittwoch 13:00 - 14:40 Uhr, RUD 26, Raum 1'306 Dozenten: Ulf Leser, Silke Trißl, Jörg Hakenberg

Die Übung wird begleitend zur Vorlesung angeboten und soll den gehörten Vorlesungsstoff vertiefen. Die Themen der Übung beinhalten sowohl grundlegende molekularbiologische Fragen wie auch die Implementation der vorgestellten Algorithmen in Java. Die Bearbeitung der wöchentlichen Aufgaben wird in Gruppen von 1 - 2 Studenten erfolgen.

Das Bestehen der Übung ist Voraussetzung für die Zulassung zur Prüfung Algorithmische Bioinformatik. Die Übung gilt als bestanden, wenn mindestens 50 % der möglichen Punkte erreicht wurden und 12 von 14 Übungsblätter abgegeben wurden. Außerdem werden an jedem Übungstermin 2 - 3 Studenten die Lösungen vorstellen.

Nochmals zur Klarstellung: 12 von 14 Übungsblätter müssen mit mindestens 50 % der möglichen Punkte bestanden werden und außerdem muss die Lösung zu einer Teilaufgabe einmal vorgestellt werden. Dies wurde auch in der ersten Übungsstunde bereits so angekündigt.

Organisatorisches - Aktuelle Übungsaufgabe - Zusätzliches Material

Organisatorisches

Lösungsblätter

  • Abgabe: jeweils am Dienstag vor der nächsten Übung, bis 17 Uhr über Goya.
  • Die Antworten sind in einer *.pdf-Datei mit dem Namen GruppeXLoesungY.pdf (X ist die Nummer eurer Gruppe, Y die Nummer des Aufgabenblattes, Beispiel: Gruppe12Loesung1.pdf) abzugeben.
  • Die Java-Klassen müssen in einer gezippten Datei (*.zip) in Goya hochgeladen werden mit
    • Java-Code als Quelltext (*.java) und kompiliert (*.class).
    • Namensgebung für Java-Klassen, die das Hauptprogramm enthalten: GruppeXAufgabeY.* (auch hier X ist die Nummer eurer Gruppe, Y die Nummer des Aufgabenblattes)
  • Alle zusätzlich definierten Klassen müssen immer mit GruppeX beginnen!
  • Der Aufruf der Haupt-Klasse erfolgt immer mittels
        java GruppeXAufgabeY -p patterndatei -t templatedatei
      Beispiel:   java Gruppe5Aufgabe4 -p Gene.txt -t Genome.txt
  • Das Format der Ausgabe ist jeweils auf dem Aufgabenblatt angegeben. Haltet Euch bitte an diese Vorgaben!

Aufgabenblätter

Termin 1

  • Thema: Vorstellung der Themen, Ablauf der Übung
  • Ort und Zeit: RUD 25, IV.112 am Mittwoch, 20.10.2004 um 13 Uhr c.t.
  • Folien: Organisatorisches ...

Aufgabenblatt 1

  • ! ! !   P F L I C H T T E R M I N   ! ! !
  • Mittwoch, 27.10.2004, RUD 26, 1'306, 13 Uhr s.t.
  • Thema: Einführung Molekularbiogie
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 2. November, 17 Uhr
  • Folien: Proteine, Zellen, ...

Aufgabenblatt 2

  • Thema: Erbkrankheiten und deren Auswirkungen
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 9. November, 17 Uhr
  • Folien: Datenbanksuche, ...

Aufgabenblatt 3

Aufgabenblatt 4

  • Thema: Z-Box Algorithmus
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 23. November, 17 Uhr

Aufgabenblatt 5

Aufgabenblatt 6

  • Thema: Keyword-Trees
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 7. Dezember, 17 Uhr

Aufgabenblatt 7

  • Thema: Suffixbäume & Longest Common Substring
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 14. Dezember, 17 Uhr
  • Besprechung: 5. Januar 2005
  • Folien: Zeitplan

Aufgabenblatt 8

  • Thema: Suffixtrees und Suffixarrays
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Datei mit DNA Sequenz zu 8.1 Änderung des Patterns am 16.12.2004
  • Kontrollbeispiele: Proteine und DNA
  • Abgabe: bis 04. Januar, 17 Uhr
  • Besprechung: 5. Januar 2005

Aufgabenblatt 9

  • Thema: Dotplots, Editdistance, dynamische Programmierung
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 11. Januar, 17 Uhr

Aufgabenblatt 10

  • Thema:Needleman-Wunsch und Gap-scores
  • Aufgabenblatt: [PDF] Änderung der Aufgabe am 12.01.2005
  • Sequenzen: s1 und s2
  • Abgabe: bis 18. Januar, 17 Uhr

Aufgabenblatt 11

Aufgabenblatt 12

  • Thema: BLAST, PSI-BLAST, FASTA
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Proteinsequenz für BLAST und FASTA blast_fasta.seq
  • Abgabe: bis 01. Februar, 17 Uhr

Aufgabenblatt 13

  • Thema: Human-Genome-Project; BLAST/BLAT/Quasar; Multiples Sequenzalignment
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Abgabe: bis 08. Februar, 17 Uhr

Aufgabenblatt 14

  • Thema: Multiples Sequenzalignment und Phylogenie
  • Aufgabenblatt: [PDF]
  • Sequenz zum Suchen: Q05652.seq
  • Abgabe: bis 15. Februar, 17 Uhr

Abschlußveranstaltung

Mittwoch, 16. Februar, 13 Uhr

Zusätzliches Material

Biologische Seiten

Sammlung von Links zu Tutorials, Datenbanken und Services

Molekularbiologische Tutorials

Biologische Glossare

Biologische Datensammlungen und Tools


Java

Java Tutorials

Programmierumgebungen