Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Übung Grundlagen der Bioinformatik

Veranstaltung

Diese Übung begleitet die Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik im Sommersemester 2022.

Der erste Übungstermin ist Donnerstag, der 21.4.2022, ab 11.00 c.t. in RUD25 3.101. An diesem Termin werden Plätze bestätigt bzw. vergeben. Bitte nehmen Sie unbedingt teil.

Moodle

Kursname: Grundlagen der Bioinformatik 2022. Der Schlüssel wird per Mail bekanntgegeben.

Ablauf

In der Übung müssen (dieses Jahr nur) vier bioinformatische Aufgaben gelöst werden. Dies umfasst sowohl die Implementierung einfacher Algorithmen als auch die Verwendung existierender Tools.

Die Implementationsaufgaben sind entweder in Python(2.7 oder 3.x) oder in Java (>= 1.7) zu lösen. Als Referenzrechner verwenden Sie bitte den Instituts-Rechner gruenau2. Bitte stellen Sie sicher, dass ihre Abgabe auf diesem Rechner ohne weitere Installationen oder Vorbereitungen compiliert bzw. läuft. Abgaben, für die das nicht zutrifft, gelten zunächst als nicht bestanden.

Die Arbeit erfolgt in Gruppen. Jede Gruppe muss alle Aufgaben erfolgreich bearbeiten. Die Aufgaben werden an einem Übungstermin ausgegeben, und die Lösungen müssen zwei oder drei Wochen später von einem der Gruppenmitglieder im Rahmen eines kurzen Vortrags vorgestellt. In dem Vortrag geht es vor allem darum, gesammelte Erfahrungen an die gesamte Zuhörerschaft zu kommunizieren.

Die einzelnen Termine sind wie folgt geplant
  • 21/22.4.22: Gruppenbildung, Einschreibung
  • 28/29.4.22: Assignment 1
  • 5/6.5.22: Entfällt. Fragen per Mail oder über Moodle
  • 12/13.5.22: Assignment 2; Besprechung Lösungen Assignment 1
  • 19/20.5.22: Online Question and answers
  • 26/27.5.22: Entfällt. Fragen per Mail oder über Moodle
  • 2/3.6.22: Assignment 3; Besprechung Lösungen Assignment 2
  • 9/10.6.22: Entfällt. Fragen per Mail oder über Moodle
  • 16/17.6.22: Online Question and answers
  • 23/24.6.22: Assignment 4; Besprechung Lösungen Assignment 3
  • 30/1.6/7.22: Online Question and answers
  • 7/8.7.22: Abgabe und Besprechung Lösungen Assignment 4
  • 14/15.7.22: Klausurvorbereitung
  • 21/22.7.22: Keine Übung