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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Übung Grundlagen der Bioinformatik

Veranstaltung

Diese Übung begleitet die Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik und wird auch auf Englisch

Erster Übungstermin ist der 17.4.2015 Dieser Termin ist Pflicht für alle Teilnehmer.

Ablauf

In der Übung müssen einfache bioinformatische Aufgaben gelöst bzw. implementiert werden. Dies umfasst sowohl die Neuimplementierung einfacher Verfahren als auch die Verwendung existierender Tools.

Bitte schreiben Sie Ihren Namen und Ihre Matrikelnummer sowohl auf die schriftlichen Abgaben, als auch als Kommentar in ihren Quellcode. Schreiben Sie auch dazu, welche Übungsgruppe Sie besuchen.

Die Implementationsaufgaben sind in Java zu lösen (Version 1.7 oder niedriger). Als Referenzrechner können Sie den Instituts-Rechner gruenau2 verwenden. Bitte stellen Sie sicher, dass ihre Abgabe auf diesem Rechner compiliert und läuft. Abgaben die sich nicht ausführen lassen werden mit 0 Punkten bewertet.

Die Arbeit erfolgt in 3er-Gruppen. Jede Gruppe muss alle Aufgaben erfolgreich bearbeiten (mindestens 51% der Punkte für jedes Aufgabenblatt). Die Aufgaben werden an einem Übungstermin ausgegeben, und die Lösungen müssen meist zwei Wochen später von einem der Gruppenmitglieder im Rahmen eines kurzen Vortrags dargestellt werden. In dem Vortrag geht es vor allem darum, gesammelte Erfahrungen an die gesamte Zuhörerschaft zu kommunizieren.

Die einzelnen Aufgaben und Termine

Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Aufgaben und notwendige Daten werden hier veröffentlicht.

  • Fr. 17.04. Assignment 1. Java and FASTA.
  • Fr. 24.04. Assignment 2. String search.
  • Fr. 08.05. Assignment 3. Alignment.
  • Fr. 29.05. Assignment 4. Hierachical clustering.
  • Fr. 12.06. Assignment 5. Microarray analysis.
  • Fr. 19.06. Besprechung der Lösungen zu Assignment 4
  • Fr. 26.06. Besprechung der Lösungen zu Assignment 5
  • Fr. 03.07. Assignment 6. Protein-protein interaction.
  • Fr. 17.07. Besprechung der Lösungen zu Assignment 6