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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Proseminar Grundlegende Themen der Bioinformatik

 

 

 

 

 

Das Proseminar muss leider ausfallen

 

 

 

 

 

Prof. Dr. Ulf Leser

Das Proseminar führt in das eigenständige wissenschaftliche Arbeiten anhand grundlegender Probleme der Bioinformatik ein. Die betrachteten Problem sind algorithmischer Natur oder aus dem Bereich der statistischen Datenanalyse. Fokus des Proseminars liegt auf der selbständigen, abgeleiteten Erarbeitung eines einfachen Forschungsthemas durch die Studierenden.

Voraussetzungen

Grundlagen der Programmierung; Interesse an interdisziplinären Fragestellungen

Schein und Anrechenbarkeit

Das Seminar ist anrechenbar für

  • Monobachelor Informatik
  • Kombibachelor Informatik

Voraussetzung für den Schein ist:

  • das erfolgreiche Halten von drei Vorträgen
  • das Verfassen zweier Versionen der Seminararbeit
  • das Verfassen zweier Peer-Reviews anderer Seminararbeiten

Anmeldung

Die Teilnehmerzahl ist begrenzt, die Anmeldung erfolgt über Goya.

Termine und Ablauf

  • Am 14.04.2012 findet die Einführungsveranstaltung statt, die für alle Teilnehmenden verpflichtend ist. Dort werden die Themen erläutert und vergeben.
  • Jede(r) Studierende muss drei Vorträge halten:
    • Einen 3-Minuten Teaser Talk zur Themenvorstellung
    • Einen 10-Minuten Vortrag zur Themenübersicht und Einordnung
    • Einen 25-Minuten Seminarvortrag
  • Jede(r) Studierende muss zwei Ausarbeitungen schreiben:
    • Eine 5-seitige Themenvorstellung und -einordnung
    • Eine 10-seitige Seminararbeit
  • Jede(r) Studierende muss zwei Peer Reviews schreiben

Termine im Überblick

14.04.2015 Leser Themenvorstellung, Seminaridee, Themenvergabe
21.04.2015 Leser Wissenschaftliches Recherchieren; Wissenschaftliches Vortragen
28.04.2015
05.05.2014 Alle Studierende Abgabe Literaturliste
12.05.2015 Alle Studierende 3-Minuten Vorträge
19.05.2015 Leser Wissenschaftliches Schreiben
26.05.2015 Alle Studierende 10-Minuten Vorträge
02.06.2015
09.06.2015 Alle Studierende Abgabe Seminararbeit (5 Seiten)
16.06.2015
23.06.2015 Alle Studierende Abgabe peer-reviews
30.06.2015 Drei Studierende Seminarvorträge
07.07.2015 Drei Studierende Seminarvorträge
14.07.2015 Drei Studierende Seminarvorträge
15.8.2015 Alle Studierende Abgabe Seminararbeit (10 Seiten)

Vorlagen


Themen

Topic Paper Vortragende(r)
Global Alignment
Fuzzy substring search in DNA archives Lapawczyk
Transcription factor binding sites: Prediction & search Dangel
Centrality in Biological Networks
Network similarity search
Sequence assembly
Multiple sequence alignment
Distance based phylogeny
Counting frequent subgraphs Geisler
Zählen häufiger Subgraphen
Fast exact substring matching: Suffixtrees / suffixarrays Wiegandt
Read Mapping Birkigt