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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Wissensmanagement in der Bioinformatik

Vorlesung

Molekularbiologische Datenbanken

Übungen zur Vorlesung im Sommersemester 2004
Professor Ulf Leser, Silke Trißl




Organisatorisches:

Zeit: Mittwoch, von 11-13 Uhr s.t.
Ort: RUD 26, Raum 1'303 (Raumänderung)
Sprechzeiten speziell zur Übung: Montag und Dienstag 10 - 12 Uhr
 in Raum IV.104
oder nach Vereinbarung
Abgabe der Lösungen: siehe Arbeitsblätter



Die Bearbeitung der Aufgaben erfolgt in Gruppen a 3 Leute.

Die Übung besteht aus 6 praktischen Aufgaben, für die jeweils 1 - 3 Wochen Zeit zur Bearbeitung sind. In der Übungsstunde werden die Aufgaben besprochen.

Die Ergebnisse der verschiedenen Aufgaben werden pro Gruppe zum Termin der Abgabe in einem Vortrag (etwa 10 Minuten) vorgestellt. Dabei muß jeder der Gruppe mindestens einmal die Ergebnisse präsentieren.

Den Übungsschein erhält jeder, dessen Gruppe alle Aufgaben gelöst hat und der mindestens einmal die Lösung vorgestellt hat.


Zeitplan:

Das Gesamtziel dieser Übung ist das Aufbauen einer Datenbank für Genexpressionsdaten mit experimentellen und integrierten Daten aus anderen Datenbanken. In den verschiedenen Terminen werden jeweils Komponenten dieses Systems erstellt.

Datum Titel Notizen Aufgabe Daten Abgabe
14.04.2004 Datenbanksuche Einleitung
Datenbankkatalog
A1
21.04.2004 Microarray-Modellierung Microarrays A2   A1
28.04.2004 Fragen/Diskussion
05.05.2004 entfällt
12.05.2004 Data-Load zusätzliches Material
Einleitung 3
A3 D3 A2
19.05.2004 Fragen/Diskussion
26.05.2004 Swiss-Prot SWISS-PROT, Versionierung A4 D4 - V1
D4 - V2
A3
02.06.2004 entfällt
09.06.2004 Motiv-Datenbank Motive in Sequenzen A5 D5 A4
16.06.2004 Exkursion zum MPI
23.06.2004 GO GeneOntology
A6 D6 A5
30.06.2004 Fragen/Diskussion
07.07.2004 Fragen/Diskussion
14.07.2004 Abschussveranstaltung A6


Last modified: st 2004-06-22