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Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Tutorial in Biophysics

Daniel Huson
Algorithms for Deducing Phylogenetic Relationships

Ort

Institut für Informatik
Humboldt-Kabinett
Rudower Chaussee 25
Adlershof

Abstract

Dieses Tutorial gibt eine Einführung in die molekulare Phylogenie. Es wird das "Baumrekonstruktionsproblem" vorgestellt und verschiedene Lösungsansätze besprochen. Ausführlich werden die beiden Hauptklassen phylogenetischer Algorithmen, die "distanzbasierten" und die "sequenzbasierten", vorgestellt. Distanzbasierte Methoden sind in der Regel schnell, aber etwas ungenau, während sequenzbasierte Methoden eine deutlich höhere Laufzeitkomplexität haben, dafür aber zu verlässlicheren Ergebnissen führen. Nach Behandlung der Baumrekonstruktionsmethoden wird im letzten Teil auch eine Einführung in das Thema "Phylogenetische Netzwerke" gegeben.

Skript des Tutorials

Schedule

  • 10.00 - 11.00 Part I: Grundlagen
  • 11.00 - 11.15 Break
  • 11.15 - 12.15 Part II: Distanzbasierte Methoden für Bäume
  • 12.15 - 13.00 Lunch
  • 13.00 - 14.00 Part III: Sequenzbasierte Methoden für Bäume
  • 14.00 - 14.15 Break
  • 14.15 - 15.00 Part IV: Consensusnetzwerke