Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Institut für Informatik

Kolloquium einer Bachelorarbeit: Monika Leung

  • Wann 18.11.2016 von 10:15 bis 11:30
  • Wo 12489 Berlin, Rudower Chaussee 25, Haus IV, Raum 410
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Zu ihrer Bachelorarbeit hält Frau Monika Leung ein Kolloquium zum Thema:

"Eine kritische Analyse einer Grid Search-Optimierung des LIMMA-Algorithmus mit der Cuneiform Workflowsprache"


 

Interessenten sind herzlich eingeladen!

 

Abstract:

Es existieren viele Algorithmen, die Microarray-Expressionsdaten analysieren. Deren Ergebnisse sind abhängig von der jeweils genutzten Methode in jedem Schritt. Für jede Kombination von Microarray-Experiment und Algorithmus gibt es eine verschiedene Menge an optimalen Parametern. Um diese optimale Parameterbelegung zu finden, ist ein "Grid Search" (auch bekannt als "Parameter Sweep") von Nutzen. Verschiedene Algorithmen werden auf die gleichen Daten angewendet mit jeweils verschiedenen Parameterbelegungen. Danach werden die Ergebnisse gegen eine Zielfunktion verglichen, welche zur Abschätzung der Güte der Ergebnisse dient, um eine optimale Wahl von Algorithmus und Parameterbelegung zu bestimmen (falls sie existiert). Das Ziel dieser Bachelorarbeit ist, einen parallelisierten Grid Search zu implementieren, der den LIMMA-Algorithmus (Linear Models for Microarray Data) für die Differentielle Expressionsanalyse verwendet. Außerdem wird analysiert, wie sich die Werte der Zielfunktion ändern in Relation zur Iteration über den Eingabeparametern und ob eine optimale Parameterbelegung existiert. "Optimal" wird hier durch verschiedene Zielfunktionen (z.B. Ähnlichkeit zu einem Goldstandard) definiert. Danach werden die Ergebnisse des Grid Search gegen einen externen Gold- und Silberstandard verglichen, um einschätzen zu können, ob ein Ergebnis besser als ein anderes ist. Außerdem wird die Laufzeit des Grid Search gemessen unter Verwendung einer unterschiedlichen Anzahl von Threads, um einzuschätzen, ob eine Parallelisierung vorteilhaft ist.