Bioinformatik für Biophysiker - Übung, Tag 4

Für Studenten des Studiengangs "Theoretische Biophysik und Bioinformatik"
Übung im Wintersemester 2006 / 2007
Silke Trißl

Donnerstag, 22.02.2006:

Blast - Theoretische Grundlagen und die konkrete Anwendung 12_Blast.pdf Hier wird Blast nochmals theoretisch behandelt und im Anschluß daran dann praktisch vorgestellt. Wir werden den Service des NCBI (National Center for Biotechnology Infomation, USA) nutzen (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST). Neben dem Bioinformatik-Tool 'Blast' beheimatet das NCBI auch noch Datenbanken wie GenBank, OMIM, PubMed und weitere Bioinformatik-Tools.
ClustalW 13_ClustalW.pdf Multiple Sequence Alignments gehören in der Biologie auch zum Alltag. Ein Server für ClustalW ist unter http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ am EBI (European Bioinformatics Institute) zu erreichen. Das EBI stellt auch ein Sequence Retrieval System (SRS, http://srs.ebi.ac.uk) zur Verfügung, mit unter anderem DNA- und Proteinsequenzen gesucht werden können.

Zusätzliches Material:

Sequenzen für Blast

blastn AQ008298.fasta
blastp Q7RNI7.fasta
blastx BI670787.fasta
tblastn Q9DGL7.fasta

Sequenzen für ClustalW

PH4H - Phenylalaine hydroxylase PH4H.fasta
Death domain DEATH_DOMAIN.fasta
Chloramphenicol acetyltransferase CAT.fasta