Bioinformatik für Biophysiker - Übung, Tag 3

Für Studenten des Studiengangs "Theoretische Biophysik und Bioinformatik"
Übung im Wintersemester 2006 / 2007
Silke Trißl

Mittwoch, 21.02.2007:

Dynamische Programmierung 10_Aufgabe4.pdf Eine kurze Wiederholung der Dynamischen Programmierung und Erklären der Aufgabe
Dynamische Programmierung mit Substitutionsmatrix 11_Aufgabe5.pdf Substitutionsmatrizen, Ähnlichkeitsmaß

Zusätzliches Material:

Sequenz Dateien

Beispieldatei mit selbst zu berechnendem Alignment test_sequenzen.txt

Ähnliche Sequenzen des Proteins Phenylalanine hydroxylase (PAH)

Homo sapiens (Mensch) PH4H_HUMAN
Mus musculus (Maus) PH4H_MOUSE
Rattus norvegicus (Ratte) PH4H_RAT
Drosophila melanogaster (Fruchtfliege) PH4H_DROME
Caenorhabditis elegans (Fadenwurm) PH4H_CAEEL
Caulobacter crescentus (Bakterium) PH4H_CAUCR
Vibrio cholerae (Bakterium) PH4H_VIBCH

Matrizen

Alle Blosum, PAM gezippt, um sie zu eintpacken: 
 > unzip Matrizen.zip
Matrizen.zip
und hier nochmal ein Beispiel mit Substitutionsmatrix test_proteins.txt