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Für Studenten des Studiengangs "Theoretische Biophysik und Bioinformatik"
Übung im Wintersemester 2006 / 2007
Silke Trißl

Dienstag, 20.02.2006:

Klassen und Objekte 06_MethodClass.pdf Das objekt-orientierte Programmieren in Java - Was sind Methode, was Klassen und was Objekte.
Reguläre Ausdrücke 07_Regexp.pdf Reguläre Ausdrücke in Java - was ist das, wozu werden sie verwendet.
Ein- und Ausgabe in Dateien 08_Ein-Ausgabe.pdf Hier werden die Klassen vorgestellt, die Java verwendet, um Dateien zu öffnen, Daten in eine Datei zu schreiben und Daten auch wieder aus einer Datei auszulesen.
Dotplot 09_Aufgabe3.pdf Implementierung von Dotplot, Gegebene Sequenzen können unter http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/Dotlet.html in einem Java-Applet einmal miteinander vergleichen.

Zusätzliches Material:

Klassen und Objekte

Vordefinierte Klassen von Java verwenden Klassen_verwenden.java
Ein Beispiel - Der Kalender CalendarTest.java

Reguläre Ausdrücke

Reguläre Ausdrücke Regexpress_1.java
Sequenzen für die Prosite-Pattern Prosite_pattern.txt

Dateien - schreiben und lesen

In eine Datei schreiben FileOutput.java
Aus einer Datei lesen FileInput.java
Eine Zeile eines Files in die einzelnen Inhalte zerlegen FileTokenizer.java, lotto.txt, Musterdaten.txt
Dateinamen über Befehlszeile eingeben FileOpen.java

Sequenz Dateien

Repeated Domain SLIT_DROME (gegen sich selbst)
Conserved Domains AD08_HUMAN gegen ADAM_CROAD
Intron / Exon AF404777 gegen AF404777mRNA
Reverse Complements BSGTABX (gegen sich selbst)
Low Complexity Regions SERA_PLAFG (gegen sich selbst)