Databases
Biologie Tutorials
DNA Learning Center
Dies ist ein Tutorial, das sehr anschaulich erlärt, worum es in den Experimenten von Mendel ging, wie aus DNA ein Protein werden kann und wie sich Zellen entwickeln. Für den Einstieg in die Molekularbiologie sehr gut geeignet.
Talking Glossary of Genetic Terms
http://www.genome.gov/glossary.cfm
Hier werden die wichtigsten Begriffe in der Biologie nicht nur näher beschrieben, sondern auch noch von Experten erklärt und bildlich dargestellt. Was heißt was - hier sollte es stehen.
Biologische Datenbanken im Internet
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NCBI - National Center for Biotechnology Information
Das NCBI wurde 1988 als nationale Institution für Molekularbiologische Informationen in den USA gegründet. Sie verwalten öffentliche Datenbanken, forschen auf dem Gebiet der Bioinformatik, entwickeln Software für die Genomanalyse und stellen biomedizinische Informationen zur Verfügung.
Datenbanken, die dort unter anderem verwaltet werden:
PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
Dieser Service erlaubt
es dem Nutzer über das Entrez System nach Veröffentlichungen in
biologischen Fachzeitschriften zu suchen.
OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
Diese Datenbank ist eine Sammlung von genetischen Krankheiten beim Menschen
GenBank - Datenbank für DNA-Sequenzen
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
Diese Datenbank beinhaltet alle veröffentlichten DNA Sequenzen. Sie steht im konstantem Datenaustausch mit EMBL und DDBJ.
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EBI - European Bioinformatics Institute
Das EBI entstand aus der EMBL Forschungsgruppe in Heidelberg heraus. Der heutige Hauptsitz ist Hinxton, UK, in der Nähe von Cambridge. Das EBI unterhält unter anderem DNA-, Protein- und Strukturdatenbanken sowie verschiedene Bioinformatik-Tools.
SRS - Sequence Retrieval System
Eines der angenehmsten Abfragesysteme in der Biologie. Hier sind alle wichtigen Datenbanken und Bioinformatik-Tools versammelt. Der Nutzer kann auf einer Seite viele Datenbanken (über die Library Page) abfragen z.B.
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DNA Sequenzen |
EMBL |
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Protein Sequenzen |
Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt |
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Protein Strukturen |
PDB |
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Kontrolliertes Vokabular der Biologie, hierarchisch aufgebaut |
GO, GOA |
Innerhalb eines
Sequenzeintrages (DNA oder Protein) gibt es Hyperlinks zu anderen
Datenbanken, die sich auf diesen Eintrag beziehen.
Enzyme und Stoffwechselwege
Auch für Enzyme und Stoffwechselwege gibt es eigene Datenbanken.
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ExPASy ist der proteomics server am SIB (Swiss Institute of Bioinformatics). Dort ist unter anderem der Ursprung von Swiss-Prot und ENZYME.
ENZYME
Hier werden die Namen der Enzyme, deren
E.C. Nummern und auch die dazugehörige chemische Reaktion, die diese
Protein katalysieren, gespeichert.
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KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
http://www.genome.ad.jp/kegg-bin/mk_point_html
Diese Datenbank speichert Stoffwechselwege, die aus einzelnen Enzymen aufgebaut sind.
Proteinstruktur Datenbanken
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PDB - Protein Data Bank
http://www.pdb.mdc-berlin.de/pdb/
Die Protein Data Bank
(PDB) speichert die Ergebnisse von Experimenten zur Strukturbestimmung
von Proteinen.
Diese kurze Liste der Datenbanken in der Biologie erhebt keinen Anspruch auf Vollständigkeit (und wenn ich noch weitere 100 Datenbanken aufgeführt hätte, wäre sie immer noch unvollständig!), ist aber schon mal ein guter Startpunkt für einen angehenden Biowissenschaftler.
Eine Liste mit sehr vielen biologischen Datenbanken und Bioinformatik-Tools ist unter
